La estructura actual de la Secretaría Ejecutiva de Administración y Finanzas (SEAF) se compone de las siguientes unidades:
Subsecretaría Administrativa:
- Dirección de Servicios Generales
- Dirección de Adquisiciones
- Departamento de Bienes Nacionales
- Departamento de Órdenes de Pago
- Librería y Tienda Universitaria
Subsecretaría Financiera:
- Dirección de Contaduría
- Departamento de Contabilidad
- Departamento de Conciliaciones
- Departamento de Control Contable y Presupuestario
- Dirección de Tesorería
- Departamento de Control Operativo
- Departamento de Control de Ingresos y Egresos
- Departamento de Gestión de Arrendamiento, Recuperación y Cobros
- Dirección de Presupuesto y Finanzas
- Departamento de Planificación
- Departamento de Análisis y Programación Financiera
- Departamento de Control Documental y Presupuesto